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El dentista trata las caries de una u otra forma dependiendo de su nivel de gravedad, así hay caries incipientes que pueden ser tratadas con métodos no operatorios con lo que el diente se mantiene íntegro, mientras que caries de mayor extensión necesitarán otro tipo de tratamiento más invasivo.

Recordemos que la caries se inicia por repetidos ataques ácidos de las bacterias cariogénicas de la placa dental. Después, con la pérdida de minerales de los tejidos duros del diente, el diente va perdiendo dureza, se reblandece y se hace más poroso, y los microbios pueden incluso ir invadiendo el tejido dentario.

Cuando la caries es incipiente, por ejemplo, en el caso de una lesión de mancha blanca (por desmineralización de la superficie del esmalte) se puede realizar un tratamiento médico, es decir, no operatorio, consiste en la aplicación periódica de fluoruros concentrados (geles, barnices) y el control de las lesiones para ver si se remineralizan. Así, cuando la caries aún es muy inicial, se puede detener.

Las caries algo más avanzadas, que afectan planos más profundos del diente o que incluso han producido una cavidad, deben tratarse mediante empastes (conocidos en el mundo odontológico como obturaciones). En este caso, lo que el dentista hace es limpiar el diente de tejido infectado y reblandecido, y reconstruirlo con algún material de alta resistencia, con características mecánicas similares a las del diente. Existen diferentes materiales para obturación; clásicamente se ha venido utilizando la amalgama de plata, aunque hoy día es bastante más común utilizar resinas compuestas (también llamado composite) pues es un material con muy buenas capacidades mecánicas pero al mismo tiempo puede conseguirse un resultado estético en muchas ocasiones excelente.

A una lesión de caries que ha alcanzado la pulpa le corresponde un tratamiento pulpar (endodoncia). Normalmente el proceso consiste en la extirpación de la pulpa total (pulpectomía) o parcial (pulpotomía en dientes temporales, apicogénesis en dientes permanentes jóvenes). Después los conductos pulpares deben rellenarse con un material especial para ello. Y la restauración de la corona del diente, al ser la caries más grande, suele ser más compleja, puede ser mediante incrustación dental, gran reconstrucción, o perno-muñón y corona.

Como último recurso ante una lesión de caries en un diente se realizará la exodoncia (extracción dental). Después habrá que reponer el diente perdido.